Kapsułki stosuje się doustnie. Lek należy połknąć w całości, nie żuć, nie rozgryzać, popijając wodą. Pacjent powinien pamiętać, aby przyjmować tabletki codziennie o mniej więcej tej samej porze. Oryginalna ulotka Flucofastu przedstawia zalecane dawkowanie w różnych wskazaniach, jednak może być ono modyfikowane przez lekarza na podstawie wyników badań, wywiadu i objawów grzybicy.
Zazwyczaj stosuje się większe dawki początkowe (np. przy kryptokokowym zapaleniu opon mózgowych lub przy zakażeniach Candida w narządach wewnętrznych), a potem mniejsze dawki w różnym okresie czasu – od kilku dni aż do 24 miesięcy (lub dłużej, jeśli tak zdecyduje lekarz). To zazwyczaj specjalista decyduje o stosowanych dawkach i długości terapii, każdorazowo indywidualnie dla każdego pacjenta. W przypadku grzybicy narządów płciowych zwykle wystarczy pojedyncza dawka leku.
U dzieci w wieku poniżej 11 lat dawkowanie jest ustalane indywidualnie dla każdego pacjenta, a dawka dobowa jest zależna od wskazania i masy ciała dziecka.